公元2035年,人类被12只猴子军研制的一种病䓯侵袭,大部分人类都在这场病䓯灾难中死亡,只有少数人侥幸逃生,但也只能在阴暗的地下,苟且鍮生。
科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历。囚徒詹姆斯·科尔(布鲁斯·威利斯 Bruce Willis 饰)被 挑选为志愿者。阴差阳错,科尔回到了1990年,当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时,被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳·雪莉(玛德琳·斯通 Madeleine Stowe 饰)诊断为精神分裂症。科尔在病友杰弗里·戈因斯帮助下逃脫,回到了未来。因为没查清12只猴子军的来历,科尔再次被派回了1996年。
科尔这次发现了12只猴子军的起源地在费城,他找到了医生凯瑟琳,二人一起展开了追查12只猴子军的冒险之旅!不过它们马上又失望了,因为陈源身上的银光再次闪了一下,银光一闪而没,随着银光的消没,四只怪鸟眼前又失去了陈源和苏云的身影,不过下一刻它们又看见了陈源和苏云的身影突然在前方十几米的地方凭空闪现出来。